Der 1951 in Plauen geborene und an der Universität Leipzig ausgebildete Physiker war seit 1974 an der Zwickauer Hochschule tätig, zunächst als Mitarbeiter, später als Dozent. 1991 folgte die Habilitation an der damaligen Technischen Hochschule Zwickau.
2006 übernahm Prof. Dr. rer. nat. habil. Gunter Krautheim das Amt des Prorektors für Forschung und Wissenstransfer, bevor er im Jahr 2011 zum Rektor der Westsächsischen Hochschule Zwickau gewählt wurde. Im April 2016 hat er die Amtskette an seinen Nachfolger Prof. Dr. rer. nat. Karl Schwister weitergegeben.
Die feierliche Verabschiedung in der Aula Peter-Breuer-Straße verfolgten zahlreiche Gäste aus Politik, Wirtschaft und Hochschule sowie viele ehemalige Kollegen, Studenten und Promovenden.